在温室全覆盖条件下扦插中山杉，插床基质多年连茬使用，基质酸化pH值下降，影响基质微生物活性及对营养元素的吸收，使中山扦插苗生长缓慢。温室育苗自然淋洗作用明显降低，而基质蒸发显著增强，从而引起盐分在表层的积累，EC值上升的基质溶液渗透势下降,影响中山杉插穗愈伤组织形成及分化成生根。中山杉插穗生根率与基质中的含氧量成正比，基质连作容重增大，孔隙度变小，通气能力变差；直接抑制中山杉插穗生根，降低插穗成活率。

生产上为促进中山杉苗迅速生长，大量使用氮肥及酸性肥料，超过中山杉苗吸收量的营养元素则在插床基质中过量积累,发生次生盐渍化及酸化。本试验表明连作基质，全氮、全磷、速效磷、全钾、速效钾均出现富集，特别是全氮处于较高的养分水平，引发次生盐渍化；长期连作造成养分富集的同时，也会造成某一种或某几种营养元素的亏缺，在得不到及时补充的情况下便出现连作障碍。

基质中酶活性是维持基质肥力的一个潜在指标，反映了基质养分转化的强弱。过氧化氢酶减少，基质腐殖质化强度和有机质转化速度均下降。基质蔗糖酶减少影响基质中的易溶性营养物质，有机质的转化、呼吸强度均下降。基质脲酶活性下降反映基质的供氮能力下降，导致氮素在基质中积累。基质磷酸酶是活性下降直接影响着基质中有机磷的分解转化，导致磷在基质中富积。

基质微生物是基质生态系统的重要组成部分，它在有机质分解、营养循环、植物生长的促进或抑制以及各种基质物理过程中，发挥着重要的作用。中山杉插床基质微生物多样性降低和有害微生物种群增加，随着连作扦插年限的增加，插床基质及根际的真菌数量大量增加，细菌和放线菌大量减少，插床基质从细菌型向真菌型转化。细菌、放线菌的减少，影响有机质的分解和氮、磷、钾等营养元素的转化，也削弱对病原菌的拮抗能力；致病真菌不断增加，中山杉插穗伤口易感病发霉，影响插穗的成活和培养壮苗。

中山杉插床基质在温室内使用量少（插床基质深15~20cm）使用强度大，比设施连作土壤更容易出现连作障碍。导致插床基质表现连障碍的各因子可相互影响转化，如基质中细菌减少而真菌占据优势，抑制了土壤酶活性；连作基质pH值降低，利于病原菌生长和繁殖；各个因子之间的相关性，需在进一步试验中明确。